В первой серии сезона обычная японская школьница Усаги (Банни) Цукино по дороге в школу спасает от издевательства детей черную кошку с отметиной в форме полумесяца на лбу. Позже эта кошка приходит к Усаги домой и рассказывает ей, что та не простая школьница, а воин — Сейлор Мун и что она должна найти других воинов и Лунную Принцессу, чтобы победить их врага — Темное Королевство. Борьба с демонами оказалась не такой простой, как показалось Банни на первый взгляд, однако у неё в первых же сериях появляется защитник — незнакомец в чёрном плаще и маске, появление которого предвещает красная роза.
Усаги удаётся найти ещё трёх воинов в матроске: Сейлор Меркурий, Сейлор Марс, Сейлор Юпитер, но одновременно с этим у Темного Королевства тоже появляются новые воины: Нефрит, Зойсайт и Кунсайт (а до этого её главным врагом был Джедайт). Нефрит в процессе поиска серебрянного кристалла влюбляется в подругу Усаги — Нару и даже собирается перейти на сторону сейлор воинов, но его убивают демоны Зойсайта.
Вскоре Зойсайт узнает, что Мамору скрывается за маской Такседо Маска и ранит его ножом в плечо. Чтоб отобрать Радужные кристалы у Такседо Маска, он заманивает его в ловушку. Усаги увидев, что Мамору ранен следует за ним, но тоже вместе с ним попадает в ловушку Зойсайта. Зойсайт хотел убить обоих, но Усаги раскрывает себя и превращается в Сейлормун. Тогда Зойсайт атакует Сейлормун, но Мамору, превратившись Токседо Маска, закрывает её собой. Слеза Усаги пробуждают Серебряный Кристалл а вместе с ним воспоминания о прошлом и все узнают что настоящая принцесса Луны Серенити — Усаги, а Мамору — принц Земли Эндимион. До всех этих событий появляется пятый воин в матроске — Сейлор Венера с верным другом котом Артемисом.
Тем временем в Темном Королевстве Королева Берил решает воскресить короля Металлию, для чего ей нужен Серебряный Кристалл. Она отправляет Кунсайта за раненым Такседо Маском и когда тот похищает его, превращает Такседо Маска в Темного Эндимиона, передав ему часть энергии короля Металлии и отправляет его забрать у Сейлор Мун Серебряный Кристалл.
Усаги пытается заставить Мамору вспомнить о том, кто он. Эндимион не может забрать у Сейлор Мун Серебряный Кристалл, каждый раз находя новые отговорки, тогда Кунсайт берет дело в свои руки и, заманив сейлор воинов на северный полюс, убивает их по одному с помощью сестер-демонесс. В конце Усаги остается одна, но её любовь к Мамору и желание чтобы смерть подруг не оказалась напрасной, помогает ей победить Королеву Берилл и уничтожить Темное Королевство.
Все воины возрождаются, однако они теряют память и не помнят, кто они и что они были когда-то знакомы…
Данный сезон включает в себя как бы две истории: про Дерево Мира Духов и про Хрустальный Токио и войну с Немезисом.
Нашему миру снова грозит опасность и опять требуется помощь воинов. Но после битвы на Северном полюсе они ничего не помнят и вернулись к обычной жизни, они даже не знают, что когда-то были знакомы… Позже они встречаются и вспоминают о прошлых жизнях. Случается это очень вовремя — на Землю в районе Токио падает метеорит, а вместе с ним новые враги — Эйл и Анна. У пришельцев есть волшебные карты Таро, с помощью которых они освобождают демонов-кардьянов, а также Древо Мира Духов — разумное растение и предок их расы, последними представителями которой Анна и Эйл являются. Под видом брата и сестры, Седжуро и Нацуми Джинго, они проникают в школу Усаги и начинают собирать энергию людей, без которой сами Чужие и Древо погибнут. Мамору теряет память, и теперь борьбу за его любовь начинают Усаги и Анна. Седжуро же влюбляется в Усаги, а в него — Макото. Одновременно с этим на помощь сейлор-воинам начинает приходить таинственный Рыцарь Лунного Света, уж очень похожий на Такседо Маска. Против новых врагов у девочек не хватает сил, и тогда они получают новые жезлы и атаки! В итоге поверившие в добро Чужие вместе с ростком очищенного Древа улетают на поиски нового мира, а Мамору вспоминает своё прошлое и возобновляет отношения с оданго-атамой. Однако история не окончена — на Усаги неожиданно сваливается очень похожая на неё «сестра» — вредная, очень на неё похожая девочка по имени Чибиуса. Как выясняется, она является будущей дочерью Усаги и Мамору, отправившейся в прошлое, чтобы найти Серебряный кристалл, утерянный в её времени.
В Хрустальном Токио будущего враги — изгнанный когда-то с Земли на ледяную планету Немезис Клан Тёмной Луны, сообщество революционеров-аристократов, готовы уничтожить их мир. Король Эндимион и королева Нео-Серенити не в силах защитить планету без Серебряного кристалла, а воины-хранители ещё недолго смогут продержаться, чтобы не дать планете пасть окончательно.
Понимая, что кристалл — ключ к победе, немезисцы тоже совершают путешествие во времени, желая завладеть кристаллом ещё в прошлом. Чтобы защитить мир от поползновений новых врагов, реальная мать Сейлор Мун из прошлого — королева Селенити, дарует ей новую силу. Первыми охоту за Чибиусой начинают четыре сестры-преследовательницы: Петцайт, Калаверайт, Бертрайт и Кермецайт, а командует ими глава вооружённых сил Немезиса — Красный Рубин(Кримсон Рубиус). Помимо поиска Чибиусы, сёстры занимаются размещением Тёмных Клиньев, чтобы уничтожить энергитический центр Хрустального Токио. Одна за другой сёстры-преследовательницыпереходят на сторону добра и становятся обычными людьми, а Красный Рубин похищает Чибиусу и сейлор-воинов на свой НЛО, но те сбегают с его корабля с помощью сейлор-телепортации. На охваченной огнём летающей тарелке появляется ещё один член Клана Тёмной Луны — Зелёная Изумруд(Грин Эсмеруд), которая оставляет погибать своего коллегу в страшных муках, а сама занимает его место. Изумруд продолжает устанавливать Тёмные Клинья, она, в свою очередь, подчиняется двум принцам Немезиса — Алмазу и Сапфиру, в первого она тайно влюблена.
Чибиуса спокойно вернулась в своё время, но воины не успели вздохнуть свободно, как у них возникли новые неприятности. На этот раз демоны атакуют людей в поисках самых чистых сердец, сердец хранителей талисманов — частей Святого Грааля. Также появляются новые воины — Уран и Нептун, — для которых важны только талисманы и поиск мессии.
В городе появился новый цирк. К Усаги в гости опять прибыла Чибиуса. А на людей снова начали нападать демоны. На этот раз их целью является поймать Пегаса/Гелиоса, хранителя Золотого кристалла и королевства Земли — Иллюзиона. Полумифическое существо, он скрывается в самом чистом из человеческих мечтаний…
В начале сезона выясняется, что предыдущие враги не погибли полностью и необходимо закончить начатое. Мамору уезжает учиться в Америку. Вскоре на планету прибывает трое воинов — Сейлор-воинов из другой системы. Они появляются под видом группы "Три звезды". Они ищут свою принцессу, бежавшую с их родного мира, захваченного Галаксией, разыскивающей звёздные семена и новой целью выбравшей Землю и её защитников. Один из участников "Трех звезд",Сейя,влюбляется в Банни. А Мамору не отвечает Банни,и она очень волнуется.